体制创新是企业全面创新的前提和保证，体制决定机制，机制决定活力，活力决定发展。根据城投公司产生的动因和发展现状，要实现可持续发展，应从体制创新入手，将现代企业制度真正深入到城投公司：
1.产权明晰。产权不清使得城投公司难以盘活资产，进行资本运营。主要表现在：
①子公司未进行公司制改制或改制不规范。如存在产权不清、“拉郎配”式的企业集团，导致无法合并会计报表等；
②授权经营范围中事业单位的资产、债务多是分离的，且新增资产无法界定其是否在授权经营范围之内。因此，必须理顺产权关系，进行规范的公司制改造，保证城投公司的现金流入和持续的融资能力，形成企业自我发展的良性循环机制。
2.权责明确。城投公司一要承担国有资产保值增值的责任；二要接受行业主管部门监督，并执行相应的城建投资计划，履行为城建投融资的职能。公司应享有各项经营管理权利，如资产处置权、子公司法人代表的任免权、经营决策权等，关键是管资产、管人、管事真正结合，做到自主经营、自负盈亏，正常行使资产管理的职能。
3.管理科学。城投公司必须规范法人治理结构，完善企业激励和投资、经营管理约束机制，进行科学的经营管理。董事会及监事会成员要真正站在出资人的立场上，决策经营发展计划，维护国家和全社会的利益；在运营目标上，以效益最大化为最高准则，经济效益和社会效益并重；在组织结构上，以资产为纽带，建立资产、利润、成本等中心，母公司进行投融资及资本运作，形成资本中心，子公司在做好服务的同时，形成以利润最大化为目标的利润中心，并以分红的形式，向母公司上交红利，形成科学的管理手段，降低成本，提高效率，增加效益。
4.政企分开。城投公司应将计划经济下各部门分散投资、分散管理的政府行为，转变为控股公司集融资、投资、建设和经营相结合集约管理的企业行为；政府、行业主管部门应着重行业监管、行业规划及特许经营的分配。主管部门不应干涉城投公司在行业管理范围之内的任何生产经营活动；反之，若城投公司违反了行规，产品未达标等，主管部门必须管到位。政企密切配合，共同完成经营城市的重任，走城投公司健康、快速、持续发展的道路。
